Liiton hallitukseen kuuluu puheenjohtaja ja 14 varsinaista jäsentä, jotka valitan liittokokouksessa kolmeksi vuodeksi kerrallaan. Puheenjohtaja valitaan vuosittain. 

Linja-autoliitolla on kahdeksan alueosastoa: Helsinki, Lounais-Suomi, Kaakkois-Suomi, Sisä-Suomi, Pohjanmaa, Itä-Suomi, Oulu ja Lappi. Linja-autoliiton jäsenyritykset ovat myös oman alueosastonsa jäseniä.